L'église saint Nicolas
Datée de 1586, l'ancienne église est construite sous l'égide de Vincent de PARSCAU, le seigneur de Botiguéry. La pierre d'angle, retrouvée en 1966 dans la cour du presbytère, par le recteur Laurent LE SANN, portant l'armoirie de la famille Parscau-Le Jeune en témoigne.
Elle est dotée d'un clocher en 1609, d'un bénitier en 1747 et d'une sacristie en 1785.
Compte tenu de son état de délabrement, la construction d'une nouvelle église en lieu et place de l'ancienne est entreprise. Elle sera inaugurée le 09 juin 1879 par Monseigneur Nouvel de la Flèche qui la consacrait à saint Nicolas. Les reliques de saint Judicamus, saint Urbain et sainte Pacifica sont déposées au grand autel.
Il s'agit d'un édifice en forme de croix qui comprend une nef de quatre travées avec bas-côtés, un transept et un chœur composé d'une travée droite et d'un chevet pentagonal.
L'église est surmontée d'un clocher en 1892. Deux nouvelles cloches sont baptisées "Marie Paule" et "Marie Noël". La troisième "Louise Magdeleine" est conservée de l'ancienne église.
La place du bourg, créée en 1870, et la statue de Mestallic, édifiée par Victor Gouriou, sont également dédiées à saint Nicolas.
La chapelle Saint-Herbot
La chapelle de Saint-Herbot est située au sud de la commune, en bordure de la VC1 menant vers Landerneau. Auparavant rattachée au domaine du Botiguéry, la commune de Saint-Thonan est devenue propriétaire de l'édifice en 1958 par acte de donation des époux Villiers, propriétaires du domaine.
Edifiée au XVIème siècle, la chapelle est surmontée d'un clocheton carré couvert d'une flèche. Les rampants sont hérissés de crochets Renaissance et se terminent par des gargouilles en forme d'animaux symboliques. La porte gothique est surmontée d'une statue de saint Herbot, saint patron des bêtes à cornes.
La chapelle abritait plusieurs statues en bois polychrome datant également du XVIème siècle. Elles ont été restaurées. Quatre statues ont été replacées dans la chapelle et deux autres sont conservées en l'église Saint-Nicolas, située au bourg.
En 1987, la couverture de la chapelle, la porte et les vitraux ont été restaurés et l'extérieur a été aménagé.
Courant 1995, l'intérieur de la chapelle a été rénové par les bénévoles du comité de Saint-Herbot qui a financé une partie des travaux. La charpente présente la forme originale d'une coque de bateau renversée.
A quelques mètres de la chapelle, un calvaire représente la Vierge et Saint-Pierre, Saint-Jean et Madeleine, ainsi qu'un ange agenouillé.
Depuis 1979, le comité de Saint-Herbot organise chaque année les courses cyclistes sur le circuit du Botiguéry avec une arrivée devant la chapelle. Cette année 2022, les courses auront lieu le dimanche 12 juin.
A Saint-Herbot, il est également de tradition ancienne de sonner les cloches de la chapelle en l'honneur des mariés issus du secteur. Encore aujourd'hui, les voisins continuent de se réunir le jour des noces autour des mariés et leur famille à la chapelle pour célébrer l'événement au son des cloches de Saint-Herbot.
Le manoir de Botiguéry
Unique maison seigneuriale de la commune, le manoir de Botiguéry est composé de plusieurs corps de bâtiments, dont la partie centrale, remaniée, est la plus ancienne.
La tour carrée comporte des fenêtres à larmier et une porte qui pourrait provenir de l'ancien manoir. Flanquée de pilastres ioniques, elle est surmontée d'un fronton orné d'un macaron en bosse. L'aile ouest date de la fin du XIXème siècle. Au début du XXème siècle, l'ensemble domanial est encore agrandi.
Situé en contrebas, l'ancien moulin est partiellement conservé.
Le manoir de Pen-Ar-Quinquis
Remontée pierre par pierre à l'identique vers 1970, la façade de ce manoir est percée de petites fenêtres à meneaux, caractéristiques du XVIème siècle. La porte en plein cintre est surmontée d'un bas-relief, dont le thème demeure inconnu, mettant en scène deux personnages. L'ensemble est orné d'un mascaron et de volutes.